Реформа представляла собой комплекс мероприятий, направленных на две цели: краткосрочной целью реформы было разрешение «аграрного вопроса» как источника массового недовольства (в первую очередь, прекращение аграрных волнений), долгосрочной целью — устойчивое процветание и развитие сельского хозяйства и крестьянства, интеграция крестьянства в рыночную экономику.
Если первую цель предполагалось достичь немедленно (масштаб аграрных волнений летом 1906 года был несовместим с мирной жизнью страны и нормальным функционированием экономики), то вторую цель — процветание — сам Столыпин считал достижимой в двадцатилетней перспективе.
Реформа разворачивалась в нескольких направлениях:
— Повышение качества права собственности крестьян на землю, состоявшее прежде всего в замене коллективной и ограниченной собственности на землю сельских обществ полноценной частной собственностью отдельных крестьян-домохозяев; мероприятия в этом направлении носили административно-правовой характер.
— Искоренение устаревших сословных гражданско-правовых ограничений, препятствовавших эффективной хозяйственной деятельности крестьян.
— Повышение эффективности крестьянского сельского хозяйства; правительственные мероприятия состояли прежде всего в поощрении выделения крестьянам-собственникам участков «к одному месту» (отруба, хутора), что требовало проведения силами государства огромного объёма сложных и дорогостоящих землеустроительных работ по разверстанию чересполосных общинных земель.
— Поощрение покупки частновладельческих (прежде всего помещичьих) земель крестьянами, через разного рода операции Крестьянского поземельного банка, преобладающее значение имело льготное кредитование.
— Поощрение наращивания оборотных средств крестьянских хозяйств через кредитование во всех формах (банковское кредитование под залог земель, ссуды членам кооперативов и товариществ).
— Расширение прямого субсидирования мероприятий так называемой «агрономической помощи» (агрономическое консультирование, просветительные мероприятия, содержание опытных и образцовых хозяйств, торговля современным оборудованием и удобрениями).
— Поддержка кооперативов и товариществ крестьян.
Реформа была направлена на усовершенствование крестьянского надельного землепользования и мало затрагивала частное землевладение. Реформа проводилась в 47 губерниях Европейской России (все губернии, кроме трёх губерний Остзейского края); реформой не затрагивалось казачье землевладение и землевладение башкир.