Дата была выбрана в связи с событием, произошедшим 19 марта (по старому стилю 6 марта) 1906 года, когда по указу императора Российской империи Николая II в классификацию судов военного флота был включен новый класс боевых кораблей — подводные лодки, а в состав Российского флота включены 20 подводных лодок «Форель», а также построенные к тому времени субмарины типов «Касатка», «Сом» и «Осётр». Об этом событии свидетельствует приказ по Морскому ведомству России № 52 от 24 марта 1906 года, подписанный лично морским министром адмиралом Алексеем Алексеевичем Бирилёвым. В этом приказе, в частности, говорилось: «Государь Император (Николай II), в шестой день марта сего года, Высочайше повелеть соизволил… включить в классификацию корабельного состава флота подводные лодки». 9 апреля (27 марта) того же года указом № 27614 был учреждён Учебный отряд подводного плавания при порте Императора Александра III в Либаве.

С той поры в Российской империи и появился новый праздник «День моряка-подводника», однако после Октябрьской революции 1917 года отмечать его перестали. Почти восемь десятилетий спустя, праздник был возрождён. 15 июля 1996 года Главнокомандующий Военно-Морским Флотом России адмирал флота Феликс Николаевич Громов подписал приказ № 253, в котором предписывалось отмечать «День моряка-подводника» ежегодно, 19 марта.