20 января 1604 года в Москву ко двору Бориса Годунова приехало посольство во главе с князем эуштинских татар Тояном с просьбой о принятии их под власть Русского царства и о возведении на реке Томи острога для защиты эуштинцев от нападений воинственных соседей — енисейских кыргызов и калмыков.

25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать город на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы.

К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены. Однако, к 1648 году первый острог пришёл в негодность, и был выстроен второй острог на южном мысу Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 км от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки. Томск стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников.