Первоначальное наименование башни — Фроловская — происходит от церкви Фрола и Лавра на Мясницкой улице, куда вела дорога из Кремля через эти ворота. Церковь не сохранилась до наших дней.
Ворота переименованы в Спасские при Алексее Михайловиче, указ от 17 апреля 1658 года гласил:
 |
На Москве в Кремле и въ Беломъ городе ворота писать и называть : в Кремле, которыя ворота назывались Фроловскими вороты, и те ворота Спасскія… |  |
Новое название ворот было связано с иконой Спаса Смоленского, написанной над проездными воротами со стороны Красной площади, и с иконой Спаса Нерукотворного, находившейся над воротами со стороны Кремля. За ними это название унаследовала и вся башня
Спасская башня была сооружена в 1491 году в период княжения Ивана III архитектором Пьетро Антонио Солари, о чём свидетельствуют белокаменные плиты с памятными надписями, установленные над въездными воротами башни. С внешней стороны башни надпись сделана на латинском языке; с внутренней — на русском: «В лето 6999 [1491] июля божией милостию сделана бысть сия стрельница повелением Иоанна Васильевича государя и самодержца всея Руси и великого князя Володимерского и Московского и Новгородского и Псковского и Тверского и Югорского и Вятского и Пермского и Болгарского и иных в 30 лето государств его, а делал Пётр Антоний Солярио от града Медиолана» (то есть Милана)
В 1508 году через ров от башни перекинули деревянный мост. Уже в конце XVI века башню венчал деревянный верх с двуглавым орлом. В 1624—1625 годах английский архитектор Христофор Галовей при участии русского мастера Бажена Огурцова возвели над башней многоярусный верх в готическом стиле (в пятом ярусе имеются аркбутаны) с элементами маньеризма (несохранившиеся обнаженные статуи-«болваны»), образное решение которого восходит к башне ратуши в Брюсселе (окончена в 1455 г.), заканчивающийся каменным шатром. Фантастические фигурки — элемент декора — при царе Михаиле Федоровиче наготу которых стыдливо прикрыли специально сшитыми суконными кафтанами. В 1628 году фигуры сильно обгорели во время пожара и были убраны с башни. В середине XVII века на главную башню Кремля водрузили двуглавого орла, являвшегося гербом Российского государства. Впоследствии двуглавые орлы появились на Никольской, Троицкой и Боровицкой башнях.
Спасские ворота являлись главными из всех Кремлёвских и всегда почитались святыми. Через них нельзя было проезжать верхом, а проходящие через них мужчины должны были снимать головные уборы перед образом Спасителя, написанным на внешней стороне башни, освещаемым неугасимой лампадой; этот обычай сохранился вплоть до XIX века: по свидетельству Хуана Валеры, «проходя под ними, все обязаны обнажать головы и кланяться, причём от обязанности воздавать такие почести никоим образом не освобождены ни иностранцы, ни те, кто исповедуют иную, а не православную веру». Тот, кто ослушивался святого правила, должен был сделать 50 земных поклонов. На образ Спаса Смоленского молились приговорённые к смерти преступники, которых казнили на Лобном месте (впрочем, современные историки утверждают, что на самом Лобном месте казни никогда не проводились). Спасские ворота являлись парадным въездом в Кремль. От священных ворот уходили на битву полки, и здесь же встречали иностранных послов. Все крестные ходы из Кремля шли через эти ворота, все правители России, начиная с царя Михаила Фёдоровича перед коронацией торжественно проходили через них. Существует легенда, что когда Наполеон проезжал через Спасские ворота в захваченной Москве, то порыв ветра стащил с него его знаменитую треуголку. При отступлении французской армии из Москвы Спасскую башню было приказано взорвать, однако подоспевшие донские казаки потушили уже зажжённые фитили.