В 1711 году, после провала Прутского похода, по условиям Прутского мирного договора Россия обязалась разрушить гавань и город, что и было сделано в феврале 1712 года.

«Как не своею рукою пишу, — сообщал Пётр Апраксину, — нужно турок удовлетворить… Таганрог разорить как можно шире, однако ж, не портя фундамента, ибо может Бог иначе совершит».

Гарнизон Троицкой крепости с пушками и припасами был передислоцирован в крепость недалеко от Черкасска (ныне — станица Старочеркасская), в Хопёрскую, Тавровскую и Ново-Павловскую крепости.

24 года Приазовье находилось под властью турок. Если Азов они старались укреплять, то Таганрог был полностью заброшен. В ходе очередной русско-турецкой войны в 1736 году после четырёхмесячной осады Азов был вновь взят, отошёл к России и Таганрог. Сразу же началось восстановление крепости. Но после заключения союзника России Австрии сепаратного мира с турками все восстановленные укрепления опять пришлось срыть, хотя территория и осталась за Россией.

Россия также не имела права иметь на юге военный и коммерческий флот, а торговля на Чёрном и Азовском морях могла вестись исключительно на турецких судах.

И только после победоносной войны 1768—1774 годов Россия вернула себе эту землю уже окончательно. Троицкую крепость быстро восстановили на старых фундаментах, а гавань стала базой для создания Азовской флотилии.